Guna membangun moral dan kultur para santri, Pondok Pesantren Amanatussalam mengadopsi nilai-nilai dari Panca Jiwa Santri sebagai Filosofi Pondok yang wajib dijalankan dan diterapkan oleh para Santri sebagai Filosofi Kehidupan di dalam Pondok Pesantren Modern Amanatussalam. adapun Panca Jiwa Santri sebagai berikut :
1. Kesempurnaan Iman
2. Keikhlasan Beramal
3. Kemuliaan Budi Pekerti
4. Keunggulan Prestasi
5. Kepekaan Sosial
Disamping penerapan Panca Jiwa Santri, para Santri memiliki kewajiban yang harus dilaksanakan selama menjadi Santri Pondok Pesantren Amanatussalam Wonosalam Jombang, yang dikenal sebagai Tujuh Kewajiban Santri sebagai berikut :
1. Sholat Wajib Berjamaah
2. Sholat Malam
3. Sholat Dhuha
4. Tilawatil Qur’an
5. Menggunakan Bahasa Resmi, Bahasa Arab dan Bahasa Inggris
6. Membaca Kitab/Buku
7. Menjaga Kebersihan
